Program Studi Doktor Ilmu pertanian didirikan sebagai sebuah upaya mengembangkan kemampuan sumberdaya manusia dalam menghadapi tantangan dan peluang era global serta sesuai dengan visi Universitas Tanjungpura yaitu pusat preservasi dan informasi ilmiah. Program Doktor Ilmu Pertanian diharapkan dapat menjadi sarana yang memfasilitasi proses studi lanjut, khususnya permasalahan pertanian di lahan sub optimal sebagai akumulasi peningkatan jumlah penduduk, keterbatasan air, degradasi lahan, dan perubahan iklim dengan sistem pertanian berkelanjutan.

Pendirian Program Studi Doktor Ilmu Pertanian dijabarkan dalam Rencana Strategis (Renstra) Universitas Tanjungpura Tahun 2015-2019 sesuai dengan Keputusan Rektor UNTAN No. 3284/UN.22/PR/2017 yang kemudian ditindaklanjuti dengan usulan pembukaannya melalui Fakta Integritas Pembukaan Program Studi Nomor 9658/UN22/TAPI.01.06/2019 Tanggal 8 Juli 2019 oleh Rektor Universitas Tanjungpura.