Dampak perubahan paradigma pendidikan di dunia internasional menyebabkan kurikulum Pendidikan Dokter di Indonesia mengalami perubahan. Perubahan kurikulum ini untuk mencapai kompetensi dokter yang memberikan strata primer. Perubahan paradigma Pendidikan Dokter ini juga diperlukan dalam upaya mencapai Indonesia sehat 2010 (SK Menteri Kesehatan no. 1457/MOH/SK/2003)

Program Studi Pendidikan Dokter UNTAN telah menyelenggarakan kurikulum yang dikembangkan dari kurikulum Inti Pendidikan Dokter Indonesia III (KIPDI III) yaitu Kurikulum Nasional Berbasis Kompetensi (KBK) untuk Pendidikan Kedokteran Dasar, Dokter yang memberikan pelayanan strata primer dengan pendekatan konsep kedokteran keluarga. Penyusun KIPDI III ini difasilitasi oleh Direktorat Jendral Pendidikan Tinggi yang disepakati bersama kalangan perguruan tinggi, masyarakat profesi dan pengguna lulusan (SK Menteri No. 045 tahun 2000 tentang kurikulum Berbasis Kompetensi)

Berdasarkan Surat Keputusan Dirjen Dikti No. 1366/D/T/2005 tanggal 10 Mei 2005 tentang Izin Penyelenggaraan Pembelajaran Program Studi Pendidikan Dokter di Universitas Tanjungpura, dan pada tahun akademik 2005/2006 prodi Pendidikan Dokter menerima mahasiswa baru melalui seleksi jalur Ikatan Dinas dan SPMB. Perpanjangan kedua penyelenggaraan Program Studi Pendidikan Dokter berdasarkan surat keputusan Dirjen Dikti Depdiknas No. 2176/D/T/K-N/2009 tanggal 11 Mei 2009